生物信息学原理与方法dna序列分析与预测.pptx

生物信息学 原理与方法第一讲 DNA序列分析与预测; Biology;基因结构（内含子和外显子交界区符合gt-ag 规则）;目录;一、DNA序列分析与预测的定义;二、软件资源;核酸序列数据库;第一步：获取DNA 目标序列

① 如果你已有目标序列，可直接进入第2 步；

② 可通过PubMed查找你感兴趣的资料；通过GenBank 或EMBL 等数据库查找目标序列。

第二步：查找ORF 并将目标序列翻译成蛋白质序列

利用相应工具，如ORF Finder 、Gene feature(Baylor College of Medicine)、GenLang(University of Pennsylvania)等，查找ORF并将DNA序列翻译成蛋白质序列。;第三步：在数据库中进行序列搜索

可以利用BLAST 进行ORF 核苷酸序列和ORF 翻译的蛋白质序列搜索。

第四步：进行目标序列与搜索得到的相似序列的全局配对(global alignment)

虽然第三步已进行局部配对(local lignment)分析，但全局配对有助于进一步加深目标序列的认识。

;第五步：查找基因家族

进行多序列比对(multiple sequence alignment)和获得配对区段的可视信息。可分别在AMAS(Oxford University)和BOXSHADE (ISREC,Switzerland)等服务器上进行。

第六步：查找目标序列中的特定模序

① 分别在Procite 、BLOCK 、Motif 数据库进行profile 、模块(block)、模序(motif)检索；

② 对蛋白质序列进行统计分析和有关预测

;第七步：预测目标序列结构

可以利用PredictProtein(EMBL)、NNPREDICT (University of California)等预测目标序列的蛋白质二级结构。