NCBI功能详介分解.docx

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文档介绍

GenBank Overview

基本信息

什么是GenBank? GenBank是一个有来自于70,000多种生物的核苷酸序列的数据库。每条纪录都 有编码区(CDS特征的注释,还包括氨基酸的翻译。 GenBank属于一个序列数据库的国际合作组 织,包括 EMBL和 DDBJ

纪录样本-关于GenBank的各个字段的详细描述,以及同 Entrez搜索字段的交叉索引。

访问GenBank -通过Entrez Nucleotides 来查询。用 accession number,作者姓名,物种,基

因/蛋白名字,还有许多其他的文本术语来查询。关于 Entrez更多的信息请看下文。用 BLAST来

在GenBank和其他数据库中进行序列相似搜索。 用E-mail来访问Entrez和BLAST可以通过Query 和BLAST服务器。另外一种选择是可以用 FTP下载整个的GenBank和更新数据。

增长统计-参见公布通知的2.2.6 (每个分类的统计),227 (每个物种的统计),228( GenBank 增长)小节。

公布通知,最新-最近和即将有的变化,GenBank的分类,数据增长统计, GenBank的引用。

公布通知,旧-同上相同,是过去公布的统计。

*(向)遗传密码-15 个遗传密码的概要。用来确保 GenBank

*

(向)

Gen Ba nk提交(数据)

关于提交序列数据,收到 accession number,和对纪录作更新的一般信息。

BankIt -用于一条或者少数条提交的基于 WW的提交工具软件。(请在提交前用 VecScreen去除

载体)

Sequin -提交软件程序,用于一条或者很多条的提交,长序列,完整基因组, alignments,人群

/种系/突变研究的提交。可以独立使用,或者用基于 TCP/IP的“ network aware ”模式,可以链

接到

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