实验四蛋白质序列、结构的获取和显示.ppt

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文档介绍

实验四：蛋白质序列、结构的获取和显示;实验项目四：蛋白质序列、结构的获取和显示

一、 实验目的和要求：

掌握蛋白质序列数据库Uniprot的查询方法及格式特点

掌握蛋白质结构数据库PDB的及格式特点

掌握蛋白质结构显示软件Pymol的使用

;;2. 数据来源;UniProt的网址： http://www.uniprot.org/ ;3.数据查询 Uniprot检索号，包括6个字符串，可由大写字母A~Z和数字0~9组合而成。 也可以用关键词检索 ;检索演示;;;与其他数据库的链接;4. UniProt数据格式;;交叉引用数据库区;序列区;DNA代码;FASTA???件格式;在Uniprot中查询拟南芥的光敏色素phyE编码蛋白的详细信息，阅读序列格式的解释，列出共包含哪几个部分？标出头部区主要字段的含义。

在Uniprot中查询（1）拟南芥油菜素内酯受体gibberellin receptor GID1C 、 （2）水稻独角金内酯水解酶strigolactone hydrolase D14的蛋白质序列，这两个蛋白包含多少个氨基酸？写出它们所对应的mRNA检索号（类似于这样的格式N*_*****）、GeneID号。;二 蛋白质结构数据库;PDB数据库( protein data bank );2.数据来源 通过实验（X射线晶体衍射，核磁共振，电子显微镜方法等）测定的生物大分子的三维结构。 主要是蛋白质的三维结构，还包括核酸、糖类、蛋白质与核酸复合物的三维结构。 ;3.数据统计 截止2013年11月，PDB数据库已含有95644 个结构数据，其中约92.5%是蛋白质的结构。 ;4.数据查询 PDB中的记录有唯一的PDB-ID，包括4个字符串，可由大写字母A~Z和数字0~9组合而成。 PDB和它的镜像站点提供每个PDB记录的查询，可按一些专门的查询项目（如提交数据、作者姓名、结构表

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