同源建模详细讲解整理版.pptx

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文档介绍

结构生物学与同源建模报告内容1、同源建模的基础--结构生物学2、蛋白质结构预测之同源建模3、同源建模的基本步骤4、同源建模常用软件介绍--在线服务器5、同源建模常用软件介绍--Modeller6、模型质量检测1、结构生物学 结构生物学是以生物大分子特定空间结构、结构的特定运动与生物学功能的关系为基础,来阐明生命现象及其应用的科学。 以生物大分子三级结构的确定作为手段,研究生物大分子的结构与功能关系,探讨生物大分子的作用机制和原理作为研究目的。推测相互作用界面生物多聚态进化关系晶体或高浓度溶液中蛋白质的四级结构晶胞堆积折叠突变、单核苷酸及保守残基的分布抗原位点及表面修饰三维结构表面残基暴露与分子构成蛋白质配体复合物形态和静电属性不同基团的相关性缝隙(酶活性位点)配体和功能位点催化簇/结构功能motif—催化机制总结来说指导实验验证功能功能功能注释三维结构作用机制设计和改造蛋白确认功能位点分子间互作药物靶标设计结构生物学主要研究方法X- 射线晶体衍射(X-ray)晶体,准确度最高多维核磁共振( NMR )冷冻电子显微镜细胞和细胞器高浓度水溶液精确度≤X-rayPDB数据库蛋白质数据库(Protein Data Bank,PDB)是一个生物大分子(如蛋白质和核酸)数据库, 内容包括由全世界生物学家和生物化学家上传的蛋白质或核酸的X光晶体衍射或者NMR核磁共振结构数据。截止2013.4.28,PDB数据库已测结构的蛋白质87368,而该库中包含的一级序列有2200W。通过实验测定的蛋白质结构远远不能满足研究需要,于是蛋白质结构预测就成为研究结构生物学的一个有效手段。蛋白质结构预测之同源建模蛋白质结构预测方法:同源建模,折叠识别和从头计算。同源建模基本原理: 1、一个蛋白质的结构由其氨基酸序列唯一的决定。由一级结构,在理论上,足以获取其二级、三级结构。 2、三级结构的保守型远远大于一

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